首先，两者概念不同
商标注销：指商标局根据商标注册人本人、或者他人的申请，将注册商标注销或部分注销的法律程序。
商标撤销：是指国家商标局对违反商标法及有关规定的行为作出决定或裁定，使原注册商标专用权归于消灭的程序。依照我国商标法第四十九条的规定，基于法定的事由，商标局可以决定或裁定撤销注册商标。
其次，两者所决定的行为也有所不同
注销注册商标有以下三种不同程序
（一）商标注册人申请注销其注册商标的，应按照《商标法实施条例》第四十六条的规定，向商标局提出申请，注销注册商标可以是整体注销，也可以注销部分指定商品或服务项目。
注销申请经商标局核准后，该注册商标专用权或该注册商标专用权在部分指定商品上的效力自注销申请之日起终止。
（二） 根据《商标法实施条例》第四十七条的规定，注册人已死亡或终止一年以上的且未办理商标移转手续的，任何人可以向商标局申请将该商标注销。向商标局申请注销该商标的，应当提交该商标注册人死亡或者终止的证据。
经商标局核准注销的注册商标，其专用权自该商标注册人死亡或终止之日起终止。
（三） 根据《商标法实施条例》第三十八条的规定，注册商标有效期满后，在法律规定的宽展期内仍未提出续展申请的，该商标予以注销。
这是商标局鉴于注册商标已经失效的事实做出的注销行为，不需要任何人的申请，该注册商标专用权的效力自有效期满次日起终止。
商标撤销根据《商标法》第四十九条的规定，注册商标使用不当的撤销的事由包括：
（1）商标局依职权的撤销：
a、自行改变注册商标；
b、自行改变注册商标的注册人名义、地址或者其他注册事项；
（2）依申请的撤销：（任何单位或者个人可以向商标局申请撤销该注册商标）
c、注册商标成为其核定使用的商品的通用名称；
d、连续三年停止使用注册商标；
商标注销与商标撤销的主要区别有两种：一是商标注销后是可以重新申请的，但是商标撤销后就不能再此申请了。二是，一般来说，商标注销是主动行为，是商标注册人主动注销的行为，而商标撤销却是被动行为，是给商标局裁定撤销或者他人申请撤销的行为。
